Das BPES ohne weitere Begleitsymptome wird durch Mutationen im FOXL2-Gen hervorgerufen. Das FOXL2-Gen liegt auf dem langen Arm des Chromosoms 3 (3q23). Die Mutationen entstehenentweder de novo oder werden familiär weitergegeben. Die Ausprägung des Syndroms kann innerhalb einer betroffenen Familie variieren.