Die häufigsten genetischen Ursachen der Hypophosphatämie sind Mutationen in den Genen SLC34A3 und SLC34A1, die für die Natrium-Phosphat-Cotransporter in der Niere verantwortlich sind. Diese Mutationen führen zu einer vermehrten Ausscheidung von Phosphat in der Niere und zu einer unzureichenden Rückresorption, was zu niedrigen Phosphatspiegeln im Blut führt.